Dieser Hinweis wurde gefunden auf der Website von Arun Raghavan, nachzulesen auf seiner Website arunraghavan.net:

Seit Pulseaudio 4.0, das in vielen Linux-Distributionen Verwendung findet, wurde Code eingebaut, der etwas besser mit Latenzen umgehen kann, wenn sie sich im Bereich von ca. 80ms befinden. Leider förderte das einen Bug unter Skype zu Tage, der von den Skype-Entwicklern untersucht aber - soweit es mir bekannt ist - bis heute nicht gefixt wurde.

Die Empfehlung von Arun Raghavan lautet hier die Pulse-eigene Automatik zu umgehen, indem eine Environment-Variable voraus gesetzt wird. Die Kommando-Zeile in der *.desktop Datei oder ähnlichem sollte dann so aussehen:

Exec=env PULSE_LATENCY_MSEC=60 skypeforlinux %U

Sartet der Aufruf manuell, bietet sich dieses an:

PULSE_LATENCY_MSEC=60 skypeforlinux